Pada 1990, Nursultan Nazarbayev, Setiausaha Pertama Parti Komunis Kazakhstan ketika itu, mencipta sebuah asas negara untuk Islam dengan mengeluarkan Kazakhstan daripada kuasa Lembaga Muslim Asia Tengah, pentadbiran agama berorientasi politik yang diluluskan oleh Soviet untuk kesemua Asia Tengah. Sebagai ganti, beliau mencipta sebuah pihak berkuasa agama yang berasingan untuk Muslim Kazakhstan. [15]

Berhati-hati terhadap pemerintahan Islam di Iran dan Afghanistan yang berjiranan, pengasas perlembagaan 1993 secara khusus mengharamkan sebarang parti politik agama. Perlembagaan 1995 juga mengharamkan pertubuhan yang mencuba merangsang perbalahan bangsa, politik, atau agama, dan mengenakan kawalan pemerintahan yang ketat pada pertubuhan agama asing. Sebagaimana dengan pendahulunya, perlembagaan 1995 menetapkan bahawa Kazakhstan ialah negara sekular. Justera, Kazakhstan ialah satu-satunya negara Asia Tengah yang perlembagaannya tidak memperuntukkan status yang khas kepada agama Islam. Keputusan ini berdasarkan dasar luar negeri pemerintahan Nazarbayev serta juga pertimbangan domestik.

Sedar akan potensi pelaburan daripada negara-negara Islam di Timur Tengah, Nazarbayev melawat Iran, Turki, dan Arab Saudi. Pada waktu yang sama, beliau menyifatkan Kazakhstan sebagai perantara antara Timur Muslim dengan Barat Kristian. Oleh itu, beliau pada mula-mulanya hanya menerima status peninjau di dalam Pertubuhan Kerjasama Ekonomi (ECO) yang anggota-anggotanya terdiri sebahagian besar daripada negara-negara Islam. Perjalanan sulung Presiden Nazarbayev ke kota suci Muslim di Mekah yang berlaku pada 1994 merupakan sebahagian daripada jadual perjalanannya yang juga merangkumi lawatan ke Vatican untuk mengunjungi Paus John Paul II.[15]